В наследство от Бориса Ельцина Путину досталось  сильно децентрализованная политическая система:

• В нижней палате парламента значительное число мест занимала оппозиция;

• Губернаторы регионов в силу их выборности фактически неподконтрольны федеральному правительству;

• Многопартийная система представлена большим количеством маленьких и слабых партий, многие из которых практически неизвестны избирателям.

Процесс медленной трансформации всех ветвей власти начался уже в течение первого президентского срока Владимира Путина. Наиболее известными шагами этой трансформации стало:

• В Госдуме 3 созыва формируется коалиция большинства из партии «Единство» и КПРФ;

• Введение в 2000 г. системы федеральных округов. Таким образом, между выборными на тот момент губернаторами регионов и президентом Российской Федерации появилось промежуточное звено — назначаемые президентом полномочные представители в федеральных округах;

• Начавшаяся уже в 2000 году реформа верхней палаты российского парламента — Совета Федерации, закончившаяся к 2002 году, и фактически лишившая губернаторов регионов контроля над Советом Федерации. В качестве «компенсации», с 2000 года был образован Государственный совет Российской Федерации.

• В 2001 принимается Закон «О политических партиях», устанавливавший минимальную численность партий в 10 тыс. чел.

К 2003 году из нескольких политических партий, близких к правительству, формируется партия «Единая Россия». В результате парламентских выборов 2003 года «Единая Россия» одерживает победу  и в течение 2004 собирает в Государственной думе России 4 созыва конституционное большинство в ²/₃ голосов за счёт депутатов из других фракций и привлечения независимых депутатов, избранных по существовавшим на тот момент одномандатным округам.

В конце июня 2003 г. Путин санкционировал "наезд на ЮКОС" - обыски и аресты в окружении Михаила Ходорковского, предварительно представленного во враждебной ЮКОСу прессе как потенциального соперника Путина и вдохновителя проекта замены президентской системы правления на парламентскую. Осенью 2003 г. М.Ходорковский был арестован.

В марте 2004 г. Владимир Владимирович Путин вторично избран на пост Президента Российской Федерации. За него проголосовало 71,31% избирателей.

В течение 2004 года по России прокатывается ряд терактов, самым громким из которых стала бесланская трагедия. 1 сентября 2004 года в Беслане, Северная Осетия, происходит террористический акт, ставший шоком и для российского, и для мирового общественного мнения. Захваты заложников происходили и ранее, но на этот раз теракт повлёк за собой массовую гибель детей.

По следам бесланской трагедии Путин объявляет о необходимости принятия новых законов, направленных на дальнейшую трансформацию российской политической системы.  Опираясь на сформированное партией «Единая Россия» конституционного большинства в парламенте, он добивается в конце 2004 г. принятия ряда законов, фактически отменяющих выборность губернаторов.

В качестве «компенсации» формированию партией «Единая Россия» конституционного большинства в нижней палате парламента, с 2005 года формируется Общественная палата Российской Федерации.

При Путине была досрочно выплачена значительная часть внешнего государственного долга. Это было сделано во многом благодаря резкому росту цен на сырьевые товары российского экспорта — в первую очередь, нефть и газ. Значительная часть дополнительных доходов, полученных за счёт роста цен, была помещена в зарубежных финансовых институтах. Существует мнение, что средства поддерживают экономику других стран и им следовало найти другое применение.

Выйдя из затяжного экономического кризиса, Россия смогла приступуть к решению наиболее острых социальных проблем. В 2005 году президент объявил о реализации четырёх национальных проектов в социальной сфере и экономике (национальный проект «Здоровье», национальный проект «Образование», национальный проект «Жильё», национальный проект «Развитие АПК»).

Парламентские выборы декабря 2007 года закрепили сложившееся положение вещей в российской политике. По их итогам партия «Единая Россия» вновь получила конституционное большинство. Перед этими выборами президент Путин выступил в поддержку «Единой России» и возглавил ее избирательный список, не являясь членом этой партии. В результате рейтинг «Единой России» возрос на 15 %.